Operasi Seroja adalah sandi untuk
invasi Indonesia ke Timor Timur yang dimulai pada tanggal 7 Desember 1975.
Pihak Indonesia menyerbu Timor Timur karena adanya desakan Amerika Serikat dan
Australia yang menginginkan agar Fretilin yang berpaham komunisme tidak
berkuasa di Timor Timur. Selain itu, serbuan Indonesia ke Timor Timur juga
karena adanya kehendak dari sebagian rakyat Timor Timur yang ingin bersatu
dengan Indonesia atas alasan etnik dan sejarah.
Angkatan Darat Indonesia mulai
menyebrangi perbatasan dekat Atambua tanggal 17 Desember 1975 yang menandai
awal Operasi Seroja. Sebelumnya, pesawat-pesawat Angkatan Udara RI sudah kerap
menyatroni wilayah Timor Timur dan artileri Indonesia sudah sering menyapu
wilayah Timor Timur. Kontak langsung pasukan Infantri dengan Fretilin pertama
kali terjadi di Suai, 27 Desember 1975. Pertempuran terdahsyat terjadi di
Baucau pada 18-29 September 1976. Walaupun TNI telah berhasil memasuki Dili
pada awal Februari 1976, namun banyak pertempuran-pertempuran kecil maupun
besar yang terjadi di seluruh pelosok Timor Timur antara Fretilin melawan
pasukan TNI. Dalam pertempuran terakhir di Lospalos 1978, Fretilin mengalami
kekalahan telak dan 3.000 pasukannya menyerah setelah dikepung oleh TNI
berhari-hari. Operasi Seroja berakhir sepenuhnya pada tahun 1978 dengan hasil
kekalahan Fretilin dan pengintegrasian Timor Timur ke dalam wilayah NKRI.
Selama operasi ini berlangsung, arus pengungsian warga Timor Timur ke wilayah
Indonesia mencapai angka 100.000 orang. Korban berjatuhan dari pihak militer
dan sipil. Warga sipil banyak digunakan sebagai tameng hidup oleh Fretilin
sehingga korban yang berjatuhan dari sipil pun cukup banyak. Pihak Indonesia
juga dituding sering melakukan pembantaian pada anggota Fretilin yang
tertangkap selama Operasi Seroja berlangsung.